陵园工程的修建伴随着秦始皇一生的政治生涯。当他13岁刚刚登上王位时的秦王政元年（前247年），陵园营建工程就随之开始了。古代帝王生前造陵并非秦始皇的首创，早在战国时期诸侯国王生前造陵已蔚然成风。如赵肃侯“十五年起寿陵”，还有平山县中山国王的陵墓也是生前营造的。但秦始皇把国君生前造陵的时间提前到即位初期，这是秦始皇的一点改进。陵园工程修造了39年，一直至秦始皇临死之际尚未竣工，二世皇帝胡亥继位，接着又修建了一年多才基本完工。
纵观陵园工程，前后可分为三个施工阶段。
初期阶段。自秦王即位开始到统一全国的26年，这一阶段先后展开了陵园工程的设计和主体工程的施工，初步奠定了陵园工程的规模和基本格局。
中期阶段。从统一全国到秦始皇三十五年，历时9年，为陵园工程的大规模修建时期。最多72万囚徒来大规模的修建，基本完成了陵园的主体工程。
最后阶段。自秦始皇三十五年（前212年）到秦二世二年（前208年）冬，历时3年多，这一阶段主要是陵园的收尾工程与覆土任务。在这一阶段爆发了陈胜、吴广起义，打到了距陵园不足数华里的戏水附近（今临潼县新丰镇附近），秦帝国危在旦夕时。此时已擢升少府令的章邯建议：“盗已至，众疆，今发近县不及矣，骊山徒多，请赦之，授兵以击之。”二世当即准奏，命章邯率领修陵大军回击起义军，尚未完全竣工的陵园工程不得不草草完工。
秦子婴元年（前206年），秦始皇陵遭遇了第一次也可能是最大一次的劫难。据《史记·高祖本纪》、《汉书·卷一·高帝纪第一上》??、《汉书·卷三十六·楚元王传第六》?记载，项羽攻入关中后，大规模破坏秦始皇陵，地面建筑毁于一旦，并挖掘了帝陵。
刘邦击败项羽后，定都长安，建立西汉。为了笼络天下人心，于汉高祖十二年（前195年），下令对秦始皇陵妥为保护，着令20户人家住在秦陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，都下令保护。
但即使如此，秦陵也未得安稳。《汉书·刘向传》记载，有一小孩在秦陵附近放羊，结果有一只羊掉入地洞中，小孩子打着火把到地洞中去寻找，不料竟然走进了秦陵地宫，引发大火，将秦始皇的棺椁烧掉了。对《汉书》所记，《水经注·渭水》也作了补充：“牧羊人寻羊烧之，火延九十日不灭。”
新莽末年，赤眉军盗掘秦始皇陵，将发掘出的葬具、铜椁熔化掉，以取铜材。
魏晋时期，后赵统治者石虎又盗掘秦陵。
唐代末年，黄巢攻入关中，秦始皇陵经历了一次大规模的破坏。黄巢盗秦陵一事历代都有传说，明人都穆《骊山记》云：“始皇陵内城周五里，旧有四门，外城周二十里，其址俱存，自南登之，二邱并峙，人日：此南门也。右门石枢犹露土中，陵高可四丈，项羽、黄巢皆尝发之。老人云：始皇葬山中，此特其虚冢耳。”都穆《骊山记》中所记黄巢盗秦陵的事情，在新、旧《唐书》均不见记载，所以，不少学者对其真实性提出了质疑。
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