第二年，黄帝整军待发，想要将蚩尤一举歼灭，然而，让人意外的事情发生了，黄帝大败，原是设计想要将蚩尤大军全数伏击，怎想蚩尤似乎早就知道了黄帝的计谋，反设埋伏使黄帝大军大败而逃。
黄帝大怒，将军中大将召集起来，严查重办，认为这次大战是军中大将泄漏了机密，才使得蚩尤知道了自己的计谋，杀了其中几名先前的炎帝手中大将之后与再次用计大战蚩尤，奈何又一次被蚩尤大败，黄帝起疑，以为又是谁泄露了机密，于是再次将手下原属于炎帝的大将逐一诛杀。
这一天，军中士兵突然全数中了奇怪的病，无法再战，而蚩尤与自己相约了半年后再战，黄帝大急，心想：“自己身经百战，连炎帝这样的大敌都能打败，怎么今日难道要败在蚩尤手中吗？这可是他的最后一战，关系这民间的生死存亡。”
突然军中士兵前来禀报，说是有个懂得医术的人前来拜侯，黄帝大喜，将此人引入帐中，见此人乃和自己一起下凡的炎帝相似，大惊道：“炎帝，怎么是你，你不是回上界了吗？怎么还留在人间，难道你还想找机会报仇？”
“不，我不是炎帝，当初的炎帝已经死去，现在站在这里的是神农，我，神农，昨日我夜观天像，知你军中士兵搜换了一种疾病，所以前来助你度过此劫？”神农笑道。
神农，就是当年隐士研医的炎帝，在这几年中，炎帝医术大成，知事当年那名女子才导致黄帝大败，怒杀军中大将，近日夜观天象，知道黄帝大军中今日会有大劫，然女儿此劫也是出自那名来历不明的女子。
黄帝疑惑，但是也未将这些是放在心里，神农来到军中士兵处，仔细看了看这些士兵的病情，摇头苦笑道：“黄帝，你这军中所有士兵都是中了如今天地间最厉害的蛊毒—瘟，也可把它叫做是瘟疫，此蛊极其厉害，一旦有一人染上，就会不断的的传染给别人，所以你这军中所有的士兵才会在一夜之间全部染上此病。”
“那有什么办法可以解此毒否？”黄帝听后大惊，他自然也是知道有此蛊，却为想到会发生在自己的大军之中。
、“黄帝听我一言，军中有人故意下的蛊，还望黄帝你能找出此人，我现在就入药山找寻草药，解你这大军之劫，不过一切还要看你自己，此人不除，大军永无宁日。”神农说完离开了大军，来到药山采集草药。
瘟疫还在不断的蔓延，神农为了找寻能解毒的草药，然以自己的身体试药，中途多次因中毒而昏厥，但是他并没有放弃，直到有一天，他回到了黄帝大军中，此时的黄帝仍然是愁眉紧锁。
神农回来，将自己这写天来，找到的解毒草药配置成药，分与大军服用，大军第二天全数好了起来，黄帝大喜，忙向神农道谢，神农笑道：“军中有一女，蚩尤之妹，还望黄帝你能将此人除去，否则此战也是必败。”
